جسیکا منینگ تا به حال هیچ تجربه با coronaviruses. این بیماری عفونی محقق تا به حال زندگی می کردند و مشغول به کار در کامبوج و در پس 2013, مطالعه, پشه ها از دلتای مکونگ و چگونه خود را در بزاق کمک می کند تا از گسترش بیماری در انسان است. اما در ماه ژانویه این کشور پرچم آن Covid-19 بیمار و آزمایشگاه که تحویل تشخیص می خواستم به ارسال نمونه از بیمار و خانواده اش به منینگ برای آزمایش های بیشتر.

منینگ با این نسخهها کار در موسسه ملی آلرژی و بیماری های عفونی ” آزمایشگاه مالاریا و بردار تحقیقات در پنوم پن است که بخشی از قدیمی دهه همکاری بین NIAID و کامبوج مرکز ملی انگل شناسی, حشره شناسی و کنترل مالاریا. در ماه سپتامبر تیم او تا به حال بوت کردن یک دستگاه به اندازه کافی کوچک به جا در هواپیما را بالای سر محفظه و طراحی شده برای خواندن DNA حروف یکی یکی. برای چند ماه گذشته آنها می خواهم که با استفاده از ترتیب سنج جدید برای کشف کردن که میکروب های دیگر از دانگ ویروس هستند و پشت سر بسیاری از تب بالا در کامبوج. در حال حاضر آنها در حال رفتن به بخواهید آن را به قطعه با هم coronavirus که فقط آمده بود خود را در ساحل. و آنها قصد انجام آن را با کمک از چیزی به نام IDSeq.

دفعات بازدید: همه ما coronavirus پوشش در اینجا.

IDSeq یک ابر مبتنی بر منبع باز بیوانفورماتیک خط لوله برای metagenomic توالی. در غیر دانشمند صحبت آن بسته های کد کامپیوتر است که شانه را از طریق تمام مواد ژنتیکی استخراج شده از نمونه—یک لوله از خون انسان می گویند و یا یک سواب شده است که تا کسی را بینی. این مسابقات همه کسانی که mishmashed بیت از DNA و RNA به پایگاه داده عظیم از شناخته شده میکروب گفتن شما که اشکالات در مخلوط. در حال اجرا IDSeq تنها نیاز به داشتن یک ترتیب شما می دانید که چگونه به استفاده از یک اتصال به اینترنت.

IDSeq آغاز شده به عنوان یک پروژه تحقیقاتی در دانشگاه سان فرانسیسکو, آزمایشگاه زیست شیمیدان جو DeRisi که 17 سال پیش تیم خود را ساخته شده در فن آوری است که شناسایی کروناویروس که باعث سارس. اخیرا DeRisi آزمایشگاه شده است در پشت یک فشار به بالينی metagenomic توالی آزمون در حال توسعه است که باید کمک به حل اسرار پزشکی برای بیماران در حال درمان در نزدیکی بیمارستان ها از جمله مورد مغز-حمله کرم.

در سال 2016 هنگامی که اطفال پریسیلا چان و همسرش, Facebook, موسس, Mark Zuckerberg متعهد 3 میلیارد دلار بیش از 10 سال مبارزه با بیماری های عفونی آنها را انتخاب DeRisi به شرکت راس اول خود را سرمایه گذاری: جدید 600 میلیون دلار مرکز تحقیقاتی به نام چان زوکربرگ Biohub. مدت کوتاهی پس از پیوستن به Biohub, DeRisi آورده در یک تیم بزرگ از طراحان و مهندسان به نوبه خود سال بنیاد-همراه کد از آزمایشگاه خود را به یک صنعتی-قدرت بسته نرم افزار. در اکتبر 2018 آنها نرم-راه اندازی IDSeq به یک گروه کوچک از تست کاربران با Facebook ثروت جای پای این لایحه برای همه است که محاسباتی خرد.

برای دریافت آن به دست دانشمندان به خصوص در زیر منابع مکان Biohub همکاری با بنیاد بیل و ملیندا گیتس. کمک های مالی از پایه و اساس شروع به آوردن 10 تیم از محققان از کشورها از جمله آفریقای جنوبی و بنگلادش و ماداگاسکار به Biohub به یاد بگیرند که چگونه به استفاده از IDSeq. در علاوه بر این به آموزش کمک های مالی تجهیز هر تیم بین المللی با یک ترتیب سنج به بازگشت به خانه خود labs.

منینگ دریافت یکی از کسانی که کمک های مالی برای گسترش کار خود را بررسی تشخیص تب در کامبوج. در پایان تابستان گذشته فقط به عنوان بدترین دانگ بیماری همه گیر در کامبوج سابقه بود و اوج او با هواپیما به سان فرانسیسکو با دو تکنسین از آزمایشگاه او برای یک هفته آموزش در Biohub. در ماه نوامبر او تیم تا به حال IDSeq و در حال اجرا و پردازش نمونه های خون جمع آوری شده از بیماران مبتلا به تب در زمینه بیمارستان در سراسر کامبوج. در اوایل ژانویه DeRisi آورده Biohub دیدار دو تیم منینگ آزمایشگاه و رفع هر گونه مسائل مربوط به آنها را دارا بودند. در طول سفر منینگ به یاد می آورد آنها مورد بحث و بررسی اخبار و گزارش های مرموز پنومونی موارد بیرون آمدن از ووهان چین. در آن زمان وجود نداشت گسترده گزارش از کارکنان مراقبت های بهداشتی بیمار شدن, بنابراین از آنها انتظار می رود آن را به بیش از ضربه به زودی. DeRisi تیم پرواز به کالیفرنیا. “سپس همه چیز را فقط با ضربه زدن به پشت بام می گوید:” منینگ.

به عنوان مقامات چینی شروع به دست و پنجه نرم کردن با مواد منفجره شیوع یک رمان coronavirus بهداشت جهانی کارشناسان نگران در مورد آنچه اتفاق می افتد اگر آن را به چین کمتر پیشرفته همسایگان در جنوب اقیانوس آرام. هنگامی که یک بیماری جدید پدیدار بسیار مهم برای پیگیری آن گسترش یافته است. این بدان معناست که بیش از خوشهچین تعداد موارد جدید. جمع آوری اطلاعات ژنتیکی مورد یک ویروس می تواند کمک به مقامات بهداشت عمومی را در درک چگونه آن را وارد کشور خود و مراحل را به سرعت پیشروی آن است. آن را نیز می تواند کمک به محققان نظارت بر ویروس برای جهش است که ممکن است تست های تشخیصی کمتر موثر است.

اما تلاش برای شناسایی و حاوی چنین شیوع بیماری مانع در تنظیمات از منابع ضعیف. نگاهی به Zika ویروس شده بود را به گردش در برزیل برای دو سال قبل از این کشور گزارش خود را اول است. محققان این نمیفهمد فقط بعدا با هم ویروسی در ژنوم کشیده از بیماران در سراسر آمریکا.

بنابراین اپیدیولوژی تا به حال دلیلی برای باور جدید کروناویروس می تواند همچنان به گسترش کشف نشده در کشورهایی مانند مالزی و اندونزی و کامبوج که دارای ضعف بهداشت عمومی زیرساخت از چین و از لحاظ تاریخی فاقد توالی ظرفیت. آنها می ترسیدند که جیب تشخیص عفونت می تواند در سکوت حفظ شیوع سوخت پیشروی آن در سراسر جهان است.

اما با ورود یک ترتیب سنج در منینگ آزمایشگاه کامبوج در حال حاضر توانایی انجام metagenomic ترتیب در نمونه های بیمار. در تاریخ 26 ژانویه تکنسین در انستیتو پاستور du Cambodge استخراج RNA ویروسی از بینی و گلو سواب گرفته شده از یک زن 60 ساله چینی که به تازگی وارد از ووهان و توسعه یک تب. روز بعد مقامات وزارت بهداشت اعلام کرد که این نمونه ها تا به حال آزمایش مثبت برای Covid-19 ساخت مرد اول کشور مورد.

سه روز بعد منینگ را از آزمایشگاه دریافت چند ویال از RNA استخراج شده از بیمار سواب. تیم او prepped آن برای تعیین توالی زد نمونه از طریق دستگاه جدید خود را و مخابره داده های حاصله به IDSeq. سپس آنها منتظر در حالی که IDSeq الگوریتم sifted از طریق تمام تکه از کد ژنتیکی مقایسه هر قطعه به GenBank مجموعه ای از همه در دسترس عموم ژنتیکی توالی. اگر چه دانشمندان در چین بود در آن زمان توالی از کروناویروس که باعث Covid-19 و سپرده است که داده های ژنومی در GenBank DeRisi تیم تا به حال هنوز رتبهدهی نشده است به روز رسانی نرم افزار خود را به جستجو در جدید ترین نسخه از پایگاه داده است. آنها می خواستم به اجازه IDSeq پرواز کور و دیدن آنچه در آن می تواند به نوبه خود.

دو ساعت بعد نتایج نورد در. منینگ خیره در روی صفحه نمایش کامپیوتر در یک نقشه حرارتی نشان دادن بازدید به بود. تاریکترین سایه ای از رنگ قرمز نشان دهنده ترین “خوانده شده”—مسابقات بین نمونه و توالی در GenBank بود به کروناویروس که باعث سارس. اما نبود یک دقیق بازی. تقریبا برابر با تعداد خوانده شده نقشه برداری به کروناویروس در بر داشت در خفاش ها. “شما می توانید بگویید که آن را یک رمان coronavirus که از نزدیک مربوط به سارس اما هنوز مشخص شده است می گوید:” منینگ.

حدود یک هفته بعد IDSeq تیم به روز اول خود را به جدیدترین نسخه بود. این بانک در حال حاضر نزدیک به 85,000 شده جدید از جمله 54 توالی برای Covid-19-باعث coronavirus جمع آوری شده از بیماران در سراسر جهان است. این زمان زمانی که تیم خود را زد نمونه نرم افزار برگشتم با یک پاسخ قطعی: بیشترین بار خوانده شده به طور کامل همسان ویروس است که پدید آمده در ووهان تنها چند هفته قبل از.

با هم این دو آزمون ثابت کرد که IDSeq می تواند انجام آنچه DeRisi وعده داده بود: تشخیص گسترش پاتوژن شناخته شده و به عنوان یک سیستم هشدار دهنده برای کشورهای در حال ظهور هستند. تیم خود را و منینگ این گزارش اثبات مفهوم در یک preprint در bioRxiv هفته گذشته است. این Biohub نیز منتشر شد یک صفحه پروژه برای کامبوج coronavirus مورد ارائه یک نگاه اول از این نرم افزار به مردم است.

“من فقط بی با شور و هیجان در این مورد می گوید:” DeRisi. هدف اصلی از IDSeq او می گوید: برای توانمند دانشمندان به اجرای پیشرفته تشخیص مولکولی در کشورهای خود برای حل مشکلات محلی. اما یک هدف ثانویه است که به گسترش metagenomic توالی ظرفیت در زیر منابع مکان به طوری که اگر یک بیماری همه گیر رخ می دهد و دانشمندان در سراسر جهان قادر خواهد بود به آن را تشخیص. “این است که واقعا یک اعتبار فوق العاده ای که این تکنولوژی فقط برای فوق العاده ثروتمند مکان است که بسیاری از سرور مزارع می گوید:” DeRisi. “این می تواند انجام شود در این زمینه و با کمی حمایت—واقعا می تواند تفاوت را.”

چقدر تفاوت هنوز باقی مانده است دیده می شود. با استفاده از IDSeq همراه با یک تکنیک جدید برای افزایش مقدار ویروسی مواد در یک نمونه منینگ تیم بود که در نهایت قادر به جمع آوری تمام ژنوم سویه از ویروس است که نشان داده بود در کامبوج. ماه گذشته زمانی که آنها اضافه شده و آن را به پایگاه داده های عمومی دانشمندان در حال استفاده برای ردیابی چگونه این ویروس در حال گسترش است و جهش آن را یکی از تنها توالی از اقشار کم درآمد کشور نزدیک به شیوع این بیماری را در کانون.

منینگ می گوید گروه او است که در حالت آماده به کار به ترتیب هرگونه موارد تایید شده توسط این کشور به مقامات بهداشت عمومی. اما آن را تنها در هفته گذشته که کامبوج آغاز شده است به شدت تست برای Covid-19 بعد از یک شهروند که به سفر به کامبوج آزمایش مثبت برای این بیماری پس از بازگشت به ژاپن است. او بنا به گزارش ها تا به حال تماس با 40 مردم کامبوج که در حال حاضر تحت نظارت پزشکی در انزوا. روز شنبه کامبوج وزارت بهداشت تایید کرد که یکی از آنها تشخیص داده شده است با Covid-19.

در پاسخ کامبوج نخست وزیر دستور داد مدرسه لغو شد به مدت دو هفته. حرکت در آمد و تیز در مقایسه با هفته دولت کم اهمیت جلوه دادن جدیت از وقوع در آنچه که منتقدان به نام تلاش برای حفظ مثبت روابط سیاسی و اقتصادی با چین و کامبوج بزرگترین سرمایه گذار خارجی به جای جلوگیری از گسترش این بیماری است. در ماه فوریه محققان در دانشگاه هاروارد T. H. Chan, دانشکده بهداشت, تحليل سفر پرواز بین ووهان و کامبوج و تعیین آن از نظر آماری غیر محتمل برای کامبوج به فقط یک مورد (که منینگ آزمایشگاه تا به حال توالی). به عبارت دیگر کامبوج نبود پیدا کردن بیشتر موارد به دلیل مقامات بهداشت تا به حال نشده است به دنبال.

در حال حاضر که آنها منینگ امید به مشارکت بیشتر توالی ویروس به GenBank به عنوان موارد تایید شده در آمده است. او می گوید تیم او در حال حاضر در روند توالی یک مورد که تایید شد بیش از آخر هفته. نه تنها این دیجیتال coronavirus کتابخانه کمک اپیدیولوژی مسیر خود را گسترش و تکامل است اما آن می تواند کمک به اطمینان حاصل شود که هر گونه درمان های بالقوه و یا واکسن های تهیه شده در کامبوج موثر خواهد بود در برابر سويه هاي در گردش وجود دارد.

“این توالی به ما اجازه دیدن در نزدیک به زمان واقعی چگونه به سرعت این ویروس جهش و خدمت به عنوان یک نقشه راه برای توسعه اقدامات متقابل می گوید:” منینگ. تیم او محدود خواهد شد اما با این ظرفیت جدید خود را به ترتیب سنج است که می تواند اجرای تنها یک نمونه در یک زمان. اگر کامبوج تجربه یک افزایش در موارد پرونده را به سرعت خواهد ساخت. هنوز هم حداقل در کامبوج را در اپیدیولوژی’ نقشه. هر توالی بهتر از هیچ است.


بزرگ تر سیمی داستان
  • چگونه UFO sightings شد یک آمریکایی وسواس
  • دره سیلیکون خراب کار فرهنگ
  • رفتن فاصله (و فراتر از آن) برای گرفتن ماراتن متقلب
  • هواپیما contrails شگفت انگیز اثر گرمایش جهانی
  • شما می توانید نقطه اصطلاحات در این عکس ها?
  • 👁 یک شکست قهرمان شطرنج باعث صلح با AI. به علاوه آخرین اخبار AI
  • ✨ خود را بهینه سازی صفحه اصلی زندگی ما با دنده تیم بهترین میدارد از ربات خلاء به قیمت مناسب تشک هوشمند بلندگو

tinyurlis.gdv.gdv.htclck.ruulvis.netshrtco.detny.im