در مقایسه با 13 مختلف CRISPR-Cas9 DNA قیچی

CRISPR-Cas9 تبدیل به یکی از راحت ترین و موثر بیوتکنولوژی ابزار مورد استفاده برای برش خاص در توالی DNA. با شروع از استرپتوکوکوس پيوژنز Cas9 (SpCas9) بسیاری از مدل ها طراحی شده است و کار برای آزمایش در سراسر جهان است. اگر چه همه این سیستم ها با هدف قرار دادن و شکستن خاص از توالی DNA آنها نیز نمایشگاه نسبتا بالا خاموش-هدف فعالیت های به طور بالقوه اثرات مضر است.

به رهبری پروفسور Hyongbum هنری کیم, تیم تحقیقاتی از مرکز در زمينه نانوپزشکی در موسسه علوم پایه (IBS کره جنوبی) تا زمانی گسترده ترین high-throughput تحلیل CRISPR-Cas9 فعالیت است. تیم طراحی و توسعه عمیق-یادگیری مبتنی بر مدل های محاسباتی که پیش بینی فعالیت های SpCas9 انواع مختلف توالی DNA. منتشر شده در بیوتکنولوژی طبیعتاین مطالعه نشان دهنده یک راهنمای مفید برای انتخاب مناسب ترین SpCas9 نوع.

این مطالعه پیشی گرفته و تمام گزارش های قبلی که تا به حال مورد بررسی قرار تنها تا سه Cas9 سیستم. سندرم روده تحریک پذیر محققان در مقایسه با 13 SpCas9 انواع و تعریف شده است که چهار نوکلئوتید توالی را می توان به عنوان protospacer مجاور موتیف (PAM) — یک توالی DNA مورد نیاز است که برای Cas9 برای برش و قرار است بلافاصله پس از توالی DNA هدف به رخ.

علاوه بر این, آنها ارزيابی ويژگی شش بالا وفاداری SpCas9 انواع و متوجه شد که evoCas9 دارای بالاترین ويژگی در حالی که اصلی نوع وحشی SpCas9 کمترین. اگر چه evoCas9 بسیار خاص آن را نیز نشان می دهد که فعالیت کم در بسیاری از توالی هدف: این نتایج حاکی از آن است که بسته به DNA هدف دنباله دیگر بالا وفاداری Cas9 انواع می تواند ترجیح داده می شود.

بر اساس این نتایج سندرم روده تحریک پذیر محققان توسعه یافته DeepSpCas9variants یک ابزار محاسباتی برای پیش بینی فعالیت های SpCas9 انواع. با دسترسی به این سایت کاربران می توانند ورودی مورد نظر DNA هدف دنباله پیدا کردن مناسب ترین SpCas9 گونه های مختلف و استفاده کامل از تکنولوژی CRISPR.

“ما شروع این تحقیقات هنگامی که ما متوجه بحرانی کمبود سیستماتیک مقایسه میان متفاوت SpCas9 انواع” کیم می گوید. “در حال حاضر با استفاده از DeepSpCas9variants محققان می توانید مناسب ترین را انتخاب کنید SpCas9 انواع خود را برای مقاصد پژوهشی.”

داستان منبع:

مواد ارائه شده توسط موسسه علوم پایه. توجه داشته باشید: محتوا ممکن است برای ویرایش سبک و طول.

tinyurlis.gdv.gdv.htclck.ruulvis.netshrtco.de

دیدگاهتان را بنویسید

نشانی ایمیل شما منتشر نخواهد شد. بخش‌های موردنیاز علامت‌گذاری شده‌اند *