COVID-19: ژنتيك شبکه تجزیه و تحلیل فراهم می کند تصویر لحظهای از همه گیر ریشه

محققان از دانشگاه کمبریج انگلستان و آلمان بازسازی اولیه “مسیرهای تکاملی” از COVID-19 در انسان-به عنوان گسترش عفونت از ووهان به اروپا و آمریکای شمالی — ژنتیکی با استفاده از تکنیک های شبکه.

توسط تجزیه و تحلیل برای اولین بار 160 کامل ژنوم ویروس به توالی از بیماران انسانی از دانشمندان نقشه برداری برخی از اصلی گسترش این کروناویروس جدید از طریق آن جهش که ایجاد های مختلف ویروسی رده.

“وجود دارد بیش از حد بسیاری از جهش سریع به منظمی ردیابی COVID-19 شجره. ما با استفاده از یک ریاضی شبکه الگوریتم به تجسم تمام محتمل درختان به طور همزمان گفت:” متخصص ژنتیک دکتر پیتر Forster نویسنده سرب از دانشگاه کمبریج است.

“این تکنیک ها بیشتر شناخته شده برای نقشه برداری حرکات ماقبل تاریخ بشر جمعیت از طریق DNA. ما فکر می کنیم این اولین بار است که آنها شده اند استفاده می شود برای ردیابی عفونت راه های کروناویروس مانند COVID-19.”

این تیم با استفاده از داده ها از ویروس ژنوم نمونه از سراسر جهان بین 24 دسامبر 2019 و 4 مارس سال 2020 است. این تحقیقات نشان داد سه متمایز “انواع” COVID-19 متشکل از خوشه های نزدیک و مرتبط با رده که برچسب ‘A’, ‘B’ و ‘C’.

فرستر و همکارانش دریافتند که نزدیک ترین نوع COVID-19 به یک کشف در خفاش ها — نوع ‘A’, “اصلی انسان ویروس ژنوم” — در حال حاضر در ووهان اما جای تعجب نیست این شهر غالب نوع ویروس.

جهش نسخه از ‘A’ دیده می شد در آمریکایی گزارش داد که زندگی در ووهان و تعداد زیادی از یک نوع ویروس یافت شد در بيماران از آمریکا و استرالیا.

ووهان عمده نوع ویروس, ‘B’, شد, شایع در بیماران از سراسر شرق آسیا است. اما این نوع سفر بسیار فراتر از منطقه بدون بیشتر جهش — دلالت “بنیانگذار رویداد” در ووهان یا “مقاومت” در برابر این نوع از COVID-19 در خارج از شرق آسیا, محققان می گویند.

این ‘C’ نوع عمده اروپا نوع یافت می شود در اوایل بیماران از فرانسه و ایتالیا و سوئد و انگلستان است. آن غایب است از مطالعه در سرزمین اصلی چین نمونه اما دیده می شود در سنگاپور هنگ کنگ و کره جنوبی.

جدید تجزیه و تحلیل همچنین نشان می دهد که یکی از اولین معرفی این ویروس به ایتالیا آمد از طریق اولین مستند آلمانی عفونت در 27 ژانویه و دیگری در اوایل ایتالیایی عفونت مسیر مربوط به “سنگاپور خوشه.”

از همه مهمتر محققان می گویند که ژنتیکی خود را, شبکه, تکنیک با دقت ترسیم تاسیس عفونت مسیرهای: جهش و ویروسی دودمان پیوست نقطه بین موارد شناخته شده.

به این ترتیب دانشمندان استدلال می کنند که این “فیلوژنتیک” روش ها می توان به آخرین coronavirus توالی ژنوم برای کمک به پیش بینی آینده جهانی نقاط داغ انتقال بیماری و خروش است.

“فیلوژنتیک شبکه تجزیه و تحلیل پتانسیل برای کمک به شناسایی مستند نشده COVID-19 عفونت منابع است که سپس می تواند قرنطینه برای جلوگیری از گسترش بیشتر این بیماری در سراسر جهان گفت:” Forster یک شخص از مک دونالد موسسه پژوهش های باستان شناسی در کمبریج و همچنین دانشگاه موسسه آموزش مداوم.

یافته های منتشر شده امروز در مجله مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم (PNAS). نرم افزار مورد استفاده در این مطالعه همچنین به عنوان طبقه بندی برای بیش از 1000 coronavirus ژنوم و شمارش در دسترس است به صورت رایگان در http://www.fluxus-technology.com.

نوع ‘A’, نزدیک ترین مربوط به این ویروس در خفاش ها و pangolins عنوان “ریشه شیوع” توسط محققان. نوع ‘ب’ مشتق شده است از ‘A’ از هم جدا شده توسط دو جهش سپس ‘C’ است که در نوبه خود یک “دختر” از ‘B’.

محققان می گویند محلی سازی از ‘B’ نوع به شرق آسیا می تواند از یک “بنیانگذار اثر”: ژنتیکی تنگنا رخ می دهد که زمانی که در مورد یک ویروس یک نوع جدید تاسیس شده است از یک جدا شده از عفونت.

فورستر معتقد است که وجود یک توضیح دیگر با توجه به ارزش. “در ووهان B-نوع ویروس می تواند immunologically یا سازگار با محیط زیست سازگار به بخش بزرگی از شرق آسیا جمعیت. آن را ممکن است نیاز به جهش برای غلبه بر مقاومت در خارج از شرق آسیا است. ما به نظر می رسد برای دیدن کندتر نرخ جهش در شرق آسیا نسبت به جاهای دیگر در این مرحله اولیه.”

وی افزود: “ویروسی در شبکه ما دقیق است که یک تصویر کلی از مراحل اولیه یک بیماری قبل از مسیرهای تکاملی از COVID-19 پنهان شدن توسط تعداد زیادی از جهش. آن را مانند ابتلا به یک نخستین ابرنواختر در عمل.”

پس امروز PNAS مطالعه این تیم تحقیقاتی یافته تجزیه و تحلیل به 1,001 ژنوم ویروسی. در حالی که هنوز به کارشناسی فورستر می گوید: آخرین کار نشان می دهد که برای اولین بار از عفونت و گسترش در میان انسان ها از COVID-19 رخ داده بین اواسط ماه سپتامبر و اوایل ماه دسامبر.

این شبکه فیلوژنتیک روش های مورد استفاده توسط محققان — اجازه می دهد تجسم صدها تکاملی درختان به طور همزمان در یک گراف ساده — بودند پیشگام در نیوزیلند در سال 1979 پس از آن توسعه یافته توسط ریاضیدانان آلمانی در 1990s.

این تکنیک به این توجه باستان شناس و استاد Colin Renfrew یک نویسنده جدید PNAS مطالعه در سال 1998 است. رنفرو در ادامه به ایجاد یکی از اولین archaeogenetics گروه های تحقیقاتی در جهان در دانشگاه کمبریج.

tinyurlis.gdv.gdv.htu.nuclck.ruulvis.netshrtco.detny.im

Leave a reply

You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>