عظیم سرطان ژنوم مطالعه نشان می دهد که چگونه DNA خطاهای درایو رشد تومور

سلولهای سرطان پستان انسان. بزرگ جدید گنجینه ای از داده ها به بررسی چگونگی تغییرات ژنتیکی درایو رشد تومور است.

Cecil B. فاکس/علم منبع

بزرگترین مطالعه برای تجزیه و تحلیل کل تومور ژنوم ارائه تصویر کامل ترین و در عین حال چگونه DNA اشکالات درایو سلول های تومور رشد. محققان می گویند نتایج منتشر شده امروز در شش مقاله در طبیعت و 17 در سایر نشریات می تواند هموار کردن راه برای کامل توالی ژنوم تمام بيماران تومور. چنین توالی پس از آن می تواند در تلاش برای مطابقت با هر بیمار به یک مولکولی درمان است.

پان-سرطان تجزیه و تحلیل از کل ژنوم (PCAWG) پروژه که تا به حال بازیگران بیش از 1300 دانشمندان و پزشکان در سراسر جهان, تجزیه و تحلیل 2658 کل ژنوم برای 38 نوع از سرطان, از سرطان به کبد. “چه خارج از غرفه را از این مطالعات است که به دقت از انجام این کار در یک سیستمیک راه می گوید:” سرطان ژنتیک مارسین Cieslik که با همکار Arul Chinnaiyan در دانشگاه Michigan, Ann Arbor, همکاری تفسیر در مقالات.

قبلی مطالعات منتشر شده—از جمله کسانی که از ایالات متحده-بودجه سرطان اطلس ژنوم (TCGA)—در اصل نگاه تنها در “exome,” پروتئین-برنامه نویسی DNA را تشکیل می دهند که فقط 1 درصد از ژنوم تومورها به دلیل آن ارزان تر و آسان تر است. اما این میانبر سمت چپ تغییرات بسیاری که ممکن است درایو رشد سرطان. با توالی DNA هزینه های انجام TCGA و بین المللی سرطان ژنوم کنسرسیوم تبدیل به کل ژنوم حدود 10 سال پیش توالی 3 میلیارد DNA جفت از جمله تنظیم مقررات مناطق در noncoding DNA برای بسیاری از نمونه تومور. این گروه همچنین نگاه بزرگ بازآرایی و دیگر تغییرات ساختاری که exome sequencing نتواند.

این PCAWG مطالعه 1300-تیم قوی و سپس به حفر داده که گروه های دیگر ساخته شده بود آزادانه در دسترس در پایگاه داده. تجزیه و تحلیل خود را پیدا کند بسیاری از به اصطلاح “راننده” جهش در ژن یا noncoding DNA است که قدرت رشد سلولی در تومورهای. اما محققان دریافتند “بسیاری از راه های … برای تغییر آن مسیر” از رشد سرطان گفت: پروژه عضو لینکلن استین انتاریو موسسه تحقیقات سرطان در طول یک تماس را فشار دهید. برای مثال حدود یک پنجم از تومورها به حال سلول های که در آن کروموزوم شکسته و بخواهند صفحاتی دوباره مرتب یک پدیده عجیب و غریب شناخته شده به عنوان chromothripsis.

هر تومور تا به حال چهار تا پنج راننده جهش به طور متوسط. در همه PCAWG پروژه قادر به پیدا کردن حداقل یک راننده جهش در حدود 95% از نمونه تومور در مقایسه با 67% با exome sequencing می گوید: Peter Campbell از ولکام سانگر موسسه یکی دیگر از پروژه های عضو. این به این معنی بسیاری از بیماران مبتلا به سرطان می تواند در اصل در حال حاضر همسان به مواد مخدر است که اهداف پروتئین ساخته شده توسط این راننده ژن است.

یکی PCAWG تیم نیز نمیفهمد چگونه برای ردیابی تکامل از جهش در یک تومور بیوپسی. این گروه تایید کرد که جهش اولیه اغلب بریدن سال یا چند دهه قبل از این سرطان تشخیص داده شد نشان می دهد بسیاری از می تواند تشخیص داده و درمان بسیار زودتر. تیم دیگری یافت الگوهای جدید از جهش که در نتیجه از محیط زیست مواجهه مانند دود تنباکو. مقالات در مجلات دیگر کشف موضوعاتی مانند که چگونه اغلب تومور ژنوم DNA از ویروس ها که ممکن است باعث سرطان (13% از نمونه ها).

برخی از کشورها مانند انگلستان در حال حرکت به سمت کل توالی ژنوم هر بیمار سرطانی تومور به راهنمای درمان; هزینه کامل است که هنوز هم هزاران دلار در هر ژنوم کمپبل می گوید. این PCAWG تجزیه و تحلیل می تواند “یک طرح برای این برنامه های ملی,” او می گوید. این PCAWG کنسرسیوم نیز آغاز شده است به استخر بالینی سوابق و ژنوم برای 100.000 بیماران به ایجاد یک “دانش بانک” که پزشکان می تواند مشورت برای تعیین بهترین درمان بر اساس یک بیمار تومور ژنوم.

Cieslik و Chinnaiyan توجه داشته باشید که بسیاری از همان اطلاعات می تواند جمع آوری شده با ترکیب exome داده ها با ارزان آزمون مانند توالی RNA و سنجش برای بازآرایی. “آیا کل ژنوم توالی است که در نهایت بهترین روش در کلینیک باقی مانده است دیده می شود” Cieslik می گوید. اما این ثروت از اطلاعات از PCAWG مطالعه است که در حال حاضر آزادانه در دسترس به محققان کمک خواهد کرد که زیست شناسان درک مکانیسم از سرطان آنها می گویند.

یکی دیگر از نکته است که اگر چه هدفمند مواد مخدر می تواند کمتر سمی و قوی تر از شیمی درمانی بسیاری از بیماران تومور رشد به عنوان یک چند سلول است که مقاومت در برابر مواد مخدر شروع به گسترش است. بیمار ممکن است پس از آن نیاز به داروی دیگری برای کشتن سلول های مقاوم در برابر. “این قطعا درست است که این نوع توالی خواهد معنا نیست که تمام سرطان ها درمان” کمپبل می گوید. “اما آن را به ما که در آن ما باید به فکر کردن در مورد در حال توسعه مواد مخدر برای جلوگیری از مقاومت و یا درمان آن را پس از آن مطرح می شود.”

tinyurlis.gdv.gdv.htu.nuclck.ruulvis.netshrtco.detny.im

نرم افزار گرامرلی

ایندکسر