جداول خالی در خیابان علامت مربع در ونیز پس از دولت ایتالیا به تصویب رسید اقدامات اضطراری برای جلوگیری از رمان coronavirus.

مانوئل Silvestri

بلافاصله پس از مسیحی Drosten منتشر شده ژنتیکی توالی از رمان coronavirus آنلاین در 28 فوریه او به توییتر به موضوع یک هشدار است. به عنوان ویروس شتافت در سراسر جهان بیش از 350 ژنوم توالی های به اشتراک گذاشته شده بر روی پلت فرم آنلاین GISAID. آنها سرنخ نگه, چگونه ویروس جدید به نام سندرم حاد تنفسی کروناویروس 2 (SARS-CoV-2) است که در حال گسترش و در حال تحول است. اما از آنجا که توالی نشان دهنده بخش کوچکی از موارد و نشان می دهد چند ثبتشده تفاوت آنها آسان به overinterpret به عنوان Drosten متوجه شدم.

یک virologist در Charité بیمارستان دانشگاه در برلین او توالی ویروس از یک بیمار مبتلا به COVID-19 در ایتالیا. ژنوم نگاه شبیه به یک ویروس در یک بیمار در مونیخ پایتخت ایالت بایرن بیش از 1 ماه قبل از آن; مشترک هر دو سه جهش دیده نمی شود در اوایل توالی از چین است. Drosten متوجه این موضوع می تواند منجر به این ایده است که ایتالیایی شیوع بود “کشت” توسط یکی در ایالت بایرن است که دولت و مقامات بهداشت عمومی گفت: تا به حال شده است نقض شده توسط ردیابی و quarantining تمام اطلاعات تماس از 14 مورد تأیید. اما او فکر آن را فقط به عنوان به احتمال زیاد است که یک نوع حامل سه جهش گرفته بود مستقل مسیرهای به هر دو کشور. به تازگی توالی ژنوم “کافی است به ادعای یک لینک بین مونیخ و ایتالیا” Drosten توییتی.

هشدار او رفت و توجهی نشد. چند روز بعد از ترور بدفورد از فرد هاچینسون مرکز تحقیقات سرطان که به تجزیه و تحلیل جریان از ژنوم ویروسی و مورد بحث آنها را در توییتر موضوعات نوشت که الگوی پیشنهادی شیوع بیماری در بایرن شده بود موجود پس از همه و به نظر می رسد که منجر به شیوع. تحلیل گسترش به طور گسترده ای. نقد و فناوری اظهار داشت که “مونیخ رویداد می تواند مربوط به یک مناسب و معقول بخشی از کل اروپا شیوع” و کاربران توییتر به نام در آلمان به عذرخواهی می کنیم. (این علم خبرنگار را بازتوییت کرد بدفورد موضوع نیز هست.)

Virologist حوا Broberg از مرکز اروپایی برای کنترل و پیشگیری از بیماری موافق با Drosten که وجود دارد بیشتر سناریوهای محتمل برای چه بیماری رسیده شمال ایتالیا از یک کشف نشده از بایرن. دیگر دانشمندان می گویند بدفورد شروع به پریدن تفنگ به عنوان به خوبی. “من باید به پا زدن لب به لب خود را کمی برای این کار می گوید:” ریچارد Neher, یک محاسباتی زیست شناس در دانشگاه بازل که با این نسخهها کار با بدفورد. “این یک داستان اخطار” می گوید: اندرو Rambaut مولکولی زیست شناس تکاملی در دانشگاه ادینبورگ. “هیچ راهی وجود دارد شما می توانید ادعا می کنند که فقط از تاریخ نژادی جانور یا گیاه به تنهایی.” بدفورد بعد روشن او بر این باور بود که به همان اندازه قابل قبول وجود داشته است دو مقدمه از چین است. “من فکر می کنم من باید بیشتر مراقب باشید که توییتر با موضوع” او می گوید.

این یک مطالعه موردی در قدرت و مشکلات از زمان واقعی تجزیه و تحلیل ژنوم ویروسی. “این فوق العاده مهم بیماری است. ما نیاز به درک چگونه آن را در حال حرکت است می گوید:” بت Korber یک زیست شناس در آزمایشگاه ملی لوس آلاموس که همچنین مطالعه ژنوم SARS-CoV-2. “بسیار محدود تکامل در طول شیوع [این محققان] در حال انجام آنچه آنها می توانند و آنها در حال ساخت پیشنهادات است که من فکر می کنم در این نقطه باید به عنوان پیشنهادات.”

به عنوان شیوع گستراند ما انتظار می رود برای دیدن بیشتر و تنوع بیشتر. … و سپس آن را تبدیل به راحت تر و آسان تر به واقع قرار دادن همه چیز با هم.

ریچارد Neher, دانشگاه بازل

دنباله تجزيه و آموزنده ترین در اوایل می گوید: Kristian اندرسن محاسباتی زیست شناس در موسسه تحقیقات. اولین توالی در اوایل ژانویه, پاسخ ترین سوال اساسی: چه پاتوژن است که باعث این بیماری شده است ؟ آنهایی که به دنبال آن بودند تقریبا یکسان به شدت نشان می دهد وجود دارد یک معرفی از یک حیوان به جمعیت انسانی است. اگر این ویروس تا به حال شروع به پریدن کرد به گونه مانع چند بار دانشمندان را ببینید تنوع بیشتر در میان اولین موارد انسانی.

در حال حاضر تنوع بیشتر در حال ظهور است. مانند تمام ویروس SARS-CoV-2 طول زمان تکامل می یابد از طریق جهش های تصادفی فقط برخی از آن ها گرفتار می شوند و تصحیح شده توسط ویروس را تصحیح خطا ماشین آلات. بیش از طول آن 30,000-پایه-جفت ژنوم SARS-CoV-2 تجمع می یابد و به طور متوسط حدود یک تا دو جهش در هر ماه Rambaut می گوید. “آن را در حدود دو تا چهار بار آهسته تر از آنفولانزا,” او می گوید. با استفاده از این تغییرات کمی محققان می رسم تا درختان فیلوژنتیک بسیار شبیه به درختان خانواده. آنها همچنین می توانند ارتباط بین موارد مختلف از COVID-19 و ارزیابی اینکه آیا ممکن است غیر قابل تشخیص گسترش ویروس.

برای مثال زمانی که محققان توالی دوم ژنوم ویروس در واشنگتن—از یک نوجوان مبتلا به COVID-19 فوریه 27—آن را مانند نگاه از نوادگان مستقیم اولین ژنوم یک مورد پیدا کردم 6 هفته قبل از آن که به دست آورده بود بیشتر از سه جهش. بدفورد توییتی که او در نظر گرفته آن را “بسیار بعید” است که دو ژنوم آمد از هم جدا معرفی. “من باور دارم ما رو در حال حاضر شیوع قابل توجهی در ایالت واشنگتن بود که تشخیص داده نشده تا به حال,” او نوشت. که تجزیه و تحلیل معلوم می شود درست: واشنگتن در حال حاضر گزارش شده بیش از 100 نفر و 15 کشته و اضافی ژنوم از دیگر بیماران باید تقویت پیوند. در این مورد بدفورد این فرضیه بسیار قوی تر شد به این دلیل که دو نفر هر دو از Snohomish County, Rambaut می گوید: “این بسیار بعید است که این بسیار مربوط به ویروس می, سفر به دقیقا همان تاون در واشنگتن” او می گوید.

برخی دیگر از شرکت گیری در مورد این ویروس را گسترش پدید آمده اند, در بخشی به دلیل ثروت از ژنوم است که هنوز هم یک نمونه کوچک از بیش از 100 ، 000 موارد در سراسر جهان است. اگر چه چین حساب برای 80 ٪ از تمام COVID-19 موارد تنها یک سوم از ژنوم منتشر شده از چین—و تعداد بسیار کمی از آنها بعد از آن موارد است. و چون آن را در اوایل شیوع بیشتر ژنوم هنوز هم بسیار مشابه است که باعث می شود آن را سخت به نتیجه گیری. “ما فقط باید این تعداد انگشت شماری از جهش که باعث می شود این گروه بندی به طوری مبهم” Neher می گوید. “به عنوان شیوع گستراند ما انتظار می رود برای دیدن بیشتر و تنوع بیشتر و بیشتر به وضوح متمایز دودمان” او می گوید. “و سپس آن را تبدیل به راحت تر و آسان تر به واقع قرار دادن همه چیز با هم.”

دانشمندان نیز تمیز کاری تنوع ژنومی برای جهش است که ممکن است تغییر چگونه خطرناک پاتوژن است و یا با چه سرعتی از آن گسترش می یابد. وجود دارد بیش از حد احتیاط موجه است. یک مقاله منتشر شده توسط لو جیان دانشگاه پکن و همکارانش در 3 مارس در مجله ملی علوم بررسی و تحليل 103 ویروس ژنوم و استدلال کرد که آنها را به سقوط یکی از دو نوع متمایز به نام S و L مشخص شده توسط دو جهش. از آنجا که 70 درصد از توالی SARS-CoV-2 ژنوم متعلق به L جدیدتر نوع نویسندگان به این نتیجه رسیدند که ویروس تکامل یافته برای تبدیل شدن به تهاجمی تر و سریع تر است.

اما آنها فاقد شواهد Rambaut می گوید. “آنچه را که آنها انجام داده ایم این است که اساسا دیده می شود این دو شاخه و گفت:” این یکی بزرگتر است [به طوری که ویروس] باید بیشتر بدخیم یا بیشتر انتقال,’,” او می گوید. فقط به خاطر یک ویروس است که صادر شده و منجر به شیوع بیماری در جای دیگر به این معنا نیست آن است که رفتار متفاوت: “یکی از این دودمان است برای رفتن به بزرگتر از دیگر فقط با شانس.” برخی از محققان به نام کاغذ را پس گرفت. “ادعاهای ساخته شده در آن به وضوح بی اساس و خطر گسترش خطرناک اطلاعات غلط در یک زمان بسیار مهم در شیوع” چهار دانشمندان در دانشگاه گلاسکو نوشت: در پاسخ منتشر شده در www.virological.org. (در پاسخ Lu نوشت: چهار تا به حال اشتباه خود را مطالعه کنید.)

اکثر تغییرات ژنومی نمی تغییر virus رفتار Drosten می گوید. تنها راه برای تایید است که یک جهش دارای یک اثر است که به مطالعه آن در کشت سلولی و یا مدل های حیوانی نشان می دهد به عنوان مثال که در آن تبدیل شده است بهتر است در ورود به سلول و یا انتقال او می گوید. و اگر ویروس تغییر در یک راه مهم آن می تواند در هر راه بروید و آن را بیشتر یا کمتر خطرناک است. در 2018, Drosten گروه چاپ مقاله نشان می دهد که در اوایل شیوع سارس از 2002-03 که ویروس از دست داده و یک تکه کوچک از آن ژنوم 29 جفت در یک ژن است. اضافه کردن کسانی که جفت پشت در آزمایشگاه ساخته شده این ویروس بسیار بهتر در تکرار در چندین سلول فرهنگ ،

آن را ممکن است به نظر می رسد عجیب و غریب که یک جهش است که تضعیف این ویروس را تبدیل به تاسیس اما که می تواند رخ دهد هنگامی که آن را به تازگی وارد جمعیت انسانی و نه رقابت با گونه های فاقد جهش Drosten می گوید. “متاسفانه این ویروس جدید را ندارد که حذف” او می افزاید.

tinyurlis.gdv.gdv.htu.nuclck.ruulvis.netshrtco.detny.im