زمانی که اولین ژنوم نئاندرتال بود و توالی با استفاده از DNA جمع آوری شده از باستان استخوان آن همراه بود کشف که انسان مدرن در اروپا و امریکا به ارث برده حدود 2 درصد از ژنوم نئاندرتال ها — اثبات انسان ها و نئاندرتال ها تا به حال interbred پس از انسان های چپ آفریقا است. از آنجا که مطالعه روش های جدید همچنان به کاتالوگ نئاندرتال نسب در غیر آفریقایی در جمعیت به دنبال درک بهتر تاریخ بشر و اثرات DNA نئاندرتال در انسان در سلامت و بیماری است. قابل مقایسه با کاتالوگ نئاندرتال نسب در جمعیت های آفریقایی, اما, باقی مانده است اذعان کرد نقطه کور برای این زمینه با توجه به ویژگی های محدودیت و با این فرض که نئاندرتال ها و اجدادی جمعیت های آفریقایی بودند از لحاظ جغرافیایی از یکدیگر جدا شده.

در یک مقاله منتشر شده امروز در این مجله به همراهیک تیم از پرینستون محققان دقیق یک روش محاسباتی جدید برای تشخیص نئاندرتال نسب در ژنوم انسان. روش خود را به نام IBDmix فعال آنها را برای اولین بار به جستجو برای نئاندرتال نسب در جمعیت های آفریقایی و غیر آفریقایی هستند. این پروژه به رهبری یوشع Akey استاد در پرینستون Lewis-Sigler موسسه ژنومیک یکپارچه (LSI).

“این اولین بار است که ما می توانیم تشخیص سیگنال واقعی از نئاندرتال نسب در آفریقای گفت:” همکاری نویسنده اول لو چن فوق دکتری پژوهش دانشیار در LSI. “و این جای تعجب نشان داد یک سطح بالاتر از ما قبلا فکر می کردم” او گفت:.

روش پرینستون محققان توسعه یافته IBDmix تساوی نام خود را از ژنتیک اصل “هویت تبار” (IBD) است که در آن یک بخش از DNA در افراد یکسان است زیرا این افراد هنگامی که به اشتراک گذاشته یک جد مشترک. طول IBD بخش بستگی دارد که چگونه از مدتها پیش از آن دسته از افراد به اشتراک گذاشته یک جد مشترک. برای مثال خواهر و برادر طولانی IBD بخش به دلیل مشترک جد (پدر و مادر) است که تنها یک نسل حذف شده است. متناوبا چهارم عموزاده سهم کوتاه IBD بخش چون جد مشترک (سوم بزرگ پدربزرگ و مادر بزرگ) است که چندین نسل حذف شده است.

پرینستون تیم اهرمی اصل IBD به شناسایی نئاندرتال DNA در ژنوم انسان با تشخیص توالی که شبیه به نئاندرتال ها از آنجا که ما یک بار به اشتراک گذاشته شده از یک جد مشترک در گذشته بسیار دور (~500 ٫ 000 سال پیش) از کسانی که شبیه به خاطر ما interbred در اخیر بیشتر در حال حاضر (~50000 سال پیش). قبلی روش اتکا “مرجع جمعیت” برای کمک به تمایز مشترک نسب از اخیر interbreeding معمولا آفریقایی جمعیت معتقد به انجام کمی و یا بدون DNA نئاندرتال. این اعتماد می تواند تعصب برآورد نئاندرتال اصل و نسب که بسته به جمعیت مرجع استفاده شد. پرینستون محققان نامیده IBDmix یک “مرجع رایگان روش” از آنجا که از آن استفاده نمی آفریقایی مرجع جمعیت. به جای IBDmix با استفاده از فنی نئاندرتال توالی خود را مانند فرکانس جهش یا طول IBD بخش به تشخیص مشترک نسب از اخیر interbreeding. محققان در نتیجه قادر به شناسایی نئاندرتال نسب در آفریقایی برای اولین بار و برآورد نئاندرتال نسب در غیر آفریقایی نشان داد که اروپایی ها و آسیایی ها به سطح برابر از آنچه قبلا شرح داده شده است.

کلی هریس جمعیت متخصص ژنتیک در دانشگاه واشنگتن بود که درگیر در مطالعه اشاره کرد که تخمین های جدید از نئاندرتال نسب با استفاده از IBDmix برجسته مشکل فنی در روش متکی مرجع پانل. “ما ممکن است مجبور به رفتن به عقب و دوباره یک دسته از نتایج حاصل از انتشار ادبیات و ارزیابی اینکه آیا همان مشکل فنی شده است پرتاب کردن درک ما از جریان ژن در گونه های دیگر,” او گفت:.

علاوه بر شناسایی نئاندرتال نسب در جمعیت های آفریقایی محققان توصیف دو آیات در مورد منشاء نئاندرتال توالی. اولین آنها مشخص شد که نئاندرتال نسب در آفریقای نمی شد با توجه به مستقل interbreeding رویداد بین نئاندرتال ها و جمعیت های آفریقایی. بر اساس ویژگی های داده های این تیم تحقیقاتی به این نتیجه رسیدند که مهاجرت از باستان اروپایی ها به آفریقا معرفی نئاندرتال نسب به جمعیت های آفریقایی.

دوم با مقایسه داده ها از شبیه سازی ها تاریخ بشر به داده های واقعی از مردم محققان مشخص شد که برخی از شناسایی نئاندرتال نسب در آفریقای شد در واقع با توجه به DNA انسان معرفی شده به ژنوم نئاندرتال. نویسندگان تاکید کرد که این انسان به نئاندرتال جریان ژن درگیر در اوایل متفرق کردن گروهی از انسان در خارج از آفریقا اتفاق می افتد حداقل 100,000 سال پیش-قبل از خارج از آفریقا مهاجرت مسئول برای انسان مدرن استعمار اروپا و آسیا و قبل از interbreeding صورتی که معرفی DNA نئاندرتال به انسان مدرن است. پیدا کردن مجددا تاکید کرد که هیبریداسیون بین انسان و گونه های نزدیک شد مکرر بخشی از ما تکاملی تاریخ است.

در حالی که پرینستون محققان اذعان تعداد محدودی از جمعیت آنها قادر به تجزیه و تحلیل آنها امید خود را به روش جدید و یافته های خود را تشویق خواهد کرد بیشتر مطالعه نئاندرتال نسب در سراسر آفریقا و جمعیت های دیگر. در مورد کلی اهمیت پژوهش چن گفت: “این نشان می دهد بقایای نئاندرتال ژنوم زنده ماندن در هر انسان مدرن جمعیت مورد مطالعه تا به امروز است.”

داستان منبع:

مواد ارائه شده توسط دانشگاه پرینستون. توجه داشته باشید: محتوا ممکن است برای ویرایش سبک و طول.

tinyurlis.gdv.gdv.htclck.ruulvis.netshrtco.de

نرم افزار گرامرلی